Mise à jour par des experts sur le SARS-CoV2 - coronavirus en cause de l’épidémie COVID-19

20-03-2020

Cet avis d’experts sur le coronavirus SARS-CoV2 arrive six semaines après que nous ayons demandé à deux virologues de nous donner un rapport d’experts sur le statut actuel de la récente épidémie de coronavirus provenant de Wuhan, Chine. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) annonce actuellement (au 17ème mars) environ 180 000 cas confirmés, plus de 7000 morts enregistrés et des cas dans 159 pays, zones ou territoires. Sur la base de ces données, on peut maintenant dire que l’épidémie COVID-19 s’est développée d’une façon significative depuis le dernier avis d’experts que nous avions publié.  

Ceci pourrait être la bataille de santé publique la plus dure de nos temps, mais l’humanité est prête pour finir par gagner.”

Nous avons demandé à Alfredo Garzino-Demo (Twitter: @MicroviroB), qui nous a aidé à rédiger la première version de l’avis d’experts, de nous faire une mise à jour sur ce qui a été appris entre-temps sur le virus SARS-CoV2 et la maladie COVID-19:

Déclaration faite le 18 mars 2020Original en anglais

Actuellement, qu’est-ce que l’on sait de plus sur le virus qui provoque l’épidémie COVID-19? Que peuvent faire les scientifiques pour y répondre au mieux?

”Pendant les 15 semaines après l’apparition du virus SARS-CoV2 et de la maladie qu’il provoque (COVID-19), nous avons observé comment un virus émergeant est devenu une pandémie. Il y a des leçons que nous pouvons prendre de cette situation, qui vont être utiles, espérons-le, pour éviter ou maîtriser des futurs pathogènes émergeants.

Néanmoins, il y a quelques bonnes nouvelles. La première parmi elles concerne la vitesse à laquelle les épidémiologues, les experts de santé publique, les professionnels de santé, l’industrie et les chercheurs ont tous travaillé ensemble afin d’étouffer la pandémie le plus rapidement possible. Au 15 mars 2020, une recherche sur PubMed a révélé que 947 articles scientifiques avaient déjà été publiés (même si beaucoup entre eux restent des commentaires et des articles de revue); et beaucoup plus sont disponibles en tant que articles de pré-impression – le moyen de communiquer des données quasiment en temps réel au 21ème siècle.

Par conséquent, l’avancement a été très expéditif, peut-être plus que pour toutes les épidémies précédentes, et nous avons pris connaissance de quelques caractéristiques importantes de cette infection virale. Etant donné la vitesse rapide de l’avancement, il est possible que toutes les données récentes ne soient pas incluses ici. Nous avons l’intention de souligner quelques aspects que nous estimons particulièrement importants, alors ceci n’est pas une revue exhaustive du sujet.

Une question importante est si la transmission diminuerait au fur et au mesure qu’il commencera à faire de plus en plus chaud dans l’hémisphère Nord… Pendant les semaines suivantes on pourra étudier cette possibilité intéressante et bienvenue.”

Model 3D de SARS-CoV2 (domaine publique)

Il est maintenant largement connu qu’il y a des individus infectés qui sont asymptomatiques et la transmission peut ainsi se faire via des individus qui paraissent sains ([1][2][3][4]); de plus, même dans les cas où les symptômes apparaissent finalement, la période asymptomatique peut durer jusqu’à deux semaines, voire plus dans certains cas ([4][5][6]). Il y a des preuves que, en plus du système respiratoire, le virus peut infecter les cellules des organes de l’appareil digestif (bouche, œsophage, estomac et intestins) ([7][8]).

La transmission indirecte via des fomites (des objets) a été documentée [9], et, d’après une étude, la demi-vie du virus sur certaines surfaces (plastique, par exemple) est de plus de 15 heures, et le virus peut être détecté jusqu’à 3 jours plus tard [10].

Jusqu’à maintenant, des cas de transmission par voie parentérale ou maternelle n’ont pas été observés ([11][12]). Il est connu que l’âge avancé est un facteur de risque en ce qui concerne la gravité de la maladie et l’issue fatale, la mortalité chez le groupe âgé de 0 à 9 ans est pratiquement zéro; et certains indices montrent que les hommes sont plus à risque de maladie grave et mort que les femmes [13]. Une question importante est si la transmission diminuerait au fur et au mesure qu’il commencera à faire de plus en plus chaud dans l’hémisphère Nord, car les points focaux initiaux étaient dans des régions avec des valeurs similaires de température et humidité relative/absolue. [14]. Pendant les semaines suivantes on pourra étudier cette possibilité intéressante et bienvenue.

En ce qui concerne la thérapie, le médicament expérimental Remdesivir peut inhiber un virus lié au SARS-CoV2 – MERS-CoV (coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient qui a eu lieu en 2012) ([15][16]) dans des modèles animaux in vitro et in vivo. Ce médicament est actuellement soumis à des essais cliniques dans les Etats-Unis et la Chine, et est disponible pour usage compassionnel contre COVID-19 ([17][18]). Des preuves basées sur des études préliminaires montrent que Remdesivir a une certaine efficacité chez des patients COVID-19 ([19][20]). De plus, la choroquine a montré une efficacité chez des modèles in vitro et est largement utilisé car c’est une combinaison entre Lopinavir et ritonavir, sur lequel il y a moins d’études ([18][21][22]).

En ce qui concerne la prévention, le premier essai clinique d’une vaccine contre le SARS-CoV2 est prêt à commencer et va probablement être bientôt suivi par d’autres vaccins candidats [23]. Il est à noter que des macaques rhésus qui ont été infectés expérimentalement avec SARS-CoV2 et pour lesquels l’inflammation a diminué ensuite, ont résisté à l’épreuve d’une infection ultérieure. Cette découverte est très encourageante, car elle suggère qu’il serait possible d’induire une immunité protective contre le virus [24].

…bien que le moment soit pressant et le strict respect des pratiques de sécurité soit absolument nécessaire, en commençant par l’augmentation de la distance sociale, la recherche clinique et basique, ainsi que la quête de vaccin progressent avec vigueur (et générosité).”

Structure prédictive de la protéine non-structurale 4 (nsp4) de SARS-CoV2 (TM-score estimé=0.53). Elle participe à l’assemblage de vésicules cytoplasmiques à double membrane induit par le virus. Ces vésicules sont nécessaires pour la réplication virale. Issu de Chengxin Zhang, Wei Zheng, Xiaoqiang Huang, Eric W. Bell, Xiaogen Zhou, Yang Zhang (2020).

Des analyses structurales pour toutes les protéines virales sont maintenant disponibles [25], y compris des études sur l’interaction entre la protéine spike du virus et l’enzyme liée à la conversion de l’angiotensine (ACE2) – le récepteur du virus sur la surface des cellules humaines ([26][27]); ainsi que sur la polymérase du virus [28], et sa protéase majeure [29]. Ces structures seront importantes pour la conception rationnelle de médicament et en général pour permettre les études sur la prévention et les approches thérapeutiques.

En conclusion, bien que le moment soit pressant et le strict respect des pratiques de sécurité soit absolument nécessaire, en commençant par l’augmentation de la distance sociale, le recherche clinique et basique, ainsi que la quête de vaccin progressent avec vigueur (et générosité). Les scientifiques étaient extrêmement pro-actifs dans leur réponse à la pandémie de SARS-CoV2. Le partage des données et les collaborations, y compris celles entre les institutions publiques et le secteur privé, sont nécessaires pour augmenter encore plus loin la vitesse de l’avancement.

Ceci pourrait être la bataille de santé publique la plus dure de nos temps, mais l’humanité est prête pour finir par gagner.”

Alfredo Garzino-Demo Maître de Conférences en Microbiologie et Immunologie à l’Institut de Virologie Humaine de l’Université du Maryland Ecole de médecine aux Etats-Unis, également rattaché au Département de Médecine Moléculaire, Université de Padova (Italie), et éditeur en chef de notre journal Pathogens and Disease.

Autres sources:

Tableau de bord de l’ L’Organisation mondiale de la santé (OMS) pour suivre les cas de COVID-19 cases 

Tableau de bord de John Hopkins University (JHU) pour suivre les cas de COVID-19

Toutes les réactions d’experts à l’épidémie COVID-19 de Science Media Centre UK: https://www.sciencemediacentre.org/tag/covid-19/

Toutes les réactions d’experts à l’épidémie COVID-19 de Science Media Center Germany (in German): https://www.sciencemediacenter.de/alle-angebote/coronavirus/

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