The MeSMic consortium (Metals in Environmental Systems Microbiology consortium) is recruiting two collaborators in Bioinformatics and/or Computational Biology in the domain of microbial ecology at the Université de Pau et des Pays de l’Adour. The fellowships will have the duration of 12 months with possibility of extension at the end of this period.

The post-doctoral positions are part of the MeSMic (Metals in Environmental Systems Microbiology) project funded by E2S-UPPA. The project brings together an interdisciplinary research team (genetics, molecular biology, physiology and microbial ecology, biogeochemistry, environmental and analytical chemistry), 6 PhD students and 7 post-doctorates and relies on a set of advanced instruments in analytical chemistry and environmental microbiology. More than 20 permanent researchers are collaborating on this project. Scientific team particularly involved around the post-doctoral theme: B. Lauga, R. Duran, F. Rigal, C. Cagnon, C. Cravo-Laureau, A. Carbon.

The post-doctoral fellows will work at the IPREM Institute under the supervision of Pr. B. Lauga and Pr R. Duran, and in collaboration with international partners (e.g. U. Wageningen, bioinformatics groups).

Missions

The two post-doctoral fellows will form a team bringing all the bioinformatics expertise required for a fine investigation of metagenomic and metatranscriptomic data generated on field collected, microcosm generated samples and worldwide databases in order to i) establish an inventory of metallophore biosynthetic gene clusters (BGC), in microbial genomes and metagenomes from diverse environments, ii) infer their role in microbial assemblages by linking them to known metallophores and natural products, iii) conduct meta-analysis on the distribution of BGC across worldwide habitats in order to highlight any specific distribution and reveal if hot spots of genetic diversity exist for metallophore BGC.

Our ultimate goals are i) to better understand the metabolic interactions occurring within complex multi-species microbial assemblages, ii) to evaluate, at the ecosystem level, how metallophores contribute to community assembly, functioning, and beyond, to ecosystems functioning.

Requirements

We are seeking highly motivated postdoctoral research scientists with expertise in the analysis of (meta‑)genomics/(meta‑)transcriptomics data to work at IPREM. The ideal candidates should have a PhD in the fields of Bioinformatics or Computational Biology and microbial ecology, with research experience in NGS data analysis. A good background in microbial evolution and biostatistics would be appreciated.

Application procedure

Send by e-mail an application file including:

• CV
• cover letter
• Candidate’s PhD abstract and publications
• 2 letters of recommendation
• Contact details (3 referees, including at least the PhD supervisor and the post-doc supervisor (if applicable)

More information about the positions

Contract duration: 12 months

Application deadline: 3 March 2021

Job type: Full time

Gross salary: 2,960.00 per month

Le Hub MeSMic (Metals in Environmental Systems Microbiology consortium) recrute deux collaborateurs dans les domaines de la Bioinformatique et l’Ecologie microbienne au sein de l’Université de Pau et des Pays de l’Adour. Les missions devraient durer 12mois avec possibilité d’extension à la fin de cette période.

Ces postes de post-doctorat font partie du projet MeSMic, financé par E2S-UPPA. Il s’agit d’un projet de recherche multi-disciplinaire (génétique, biologie moléculaire, biogeochimie, biologie environnementale et analytique), comprenant 6 étudiants en thèse et 7 post-doctorants et reposant sur un plateau instrumental et technique avancé dans la chimie analytique. Plus d’une vingtaine de chercheurs permanents collaborent au projet. Quelques noms particulièrement rattachés aux missions définies dans cette offre : B. Lauga, R. Duran, F. Rigal, C. Cagnon, C. Cravo-Laureau, A. Carbon.

Mission

Les membres recrutés grâce à cette offre formeront un tandem, capable d’apporter son experience en bioinformatique à l’étude (métagénomique, métatranscriptomique) de données d’organismes sur le terrain ou bien en culture (microcosm generated samples), ce afin de :

Établir un inventaire des genes responsables de la synthèse des métallophores (BGC)
Expliquer leur rôle dans la structuration des assemblages microbiens en les reliant à certains metallphores connus et produits naturels
Conduire une méta-analyse de la distribution de ces BGC dans divers types d’habitats afin d’identifier des “hotspots” de diversité de BGC dans certains environnements.

La finalité des ces missions est de mieux comprendre les interactions métaboliques au sein d’assemblages microbiens complexes et multi-espèces, ainsi que d’évaluer comment les métallophores influencent la structuration des commuautés microbiennes et leur fonctionnement à l’échelle de l’écosystème.

Profils recherchés

Titulaires d’un doctorats ou chercheurs ayant une connaissance approfondie en analyse (meta‑)genomique/(meta‑)transcriptomique, donc une très bonne maîtrise des concepts et méthodes de la bioinformatique ainsi que de l’écologie microbienne. Un socle solide en biostatistique et en évolution microbienne serait apprécié.

Description de l’entreprise

L’ Université de Pau et des Pays de l’Adour est composée de plusieurs unités de recherche. Dans le cadre de sa certification I-Site et de la création de la structure de financement e2s-UPPA, plusieurs chercheurs du laboratoire de l’Institut des Sciences Analytiques et de Physico-Chimie pour l’Environnement et les Matériaux (IPREM) ont créé le Hub MeSMic, dont la finalité est de mieux comprendre les interactions entre les communautés d’organismes (microbes, mésofaune…) et la présence dans leur environnement de métaux et de polluants (biodisponibilité des métaux, influence sur structuration des assemblages microbiens, cycle des métaux…).

Durée du contrat : 12 mois

Date limite de candidature : 03/03/2021

Type d’emploi : Temps plein, CDD

Salaire brut: 2 960,00€ par mois

Mesures COVID-19: Possibilité de télétravail en contexte COVID-19

Pieces à fournir pour postuler

• CV
• Lettre de motivation
• Abstract de la thèse et publications
• 2 lettres de recommandation
• Infos de contact de 3 références, incluant au moins le directeur de thèse et le superviseur du ou des précédents post-docs (s’il y a lieu).